Các phản ứng có hại nghiêm trọng có khả năng không hồi phục và gây tàn tật, bao gồm viêm gân, đứt gân, bệnh lý thần kinh ngoại biên và các tác dụng bất lợi trên thần kinh trung ương.
Các kháng sinh nhóm fluoroquinolon có liên quan đến các phản ứng có hại nghiêm trọng có khả năng gây tàn tật và không hồi phục trên các hệ cơ quan khác nhau của cơ thể. Các phản ứng này có thể xuất hiện đồng thời trên cùng bệnh nhân. Các phản ứng có hại thường được ghi nhận gồm viêm gân, đứt gân, đau khớp, đau cơ, bệnh lý thần kinh ngoại vi và các tác dụng bất lợi trên hệ thống thần kinh trung ương (ảo giác, lo âu, trầm cảm, mất ngủ, đau đầu nặng và lú lẫn). Các phản ứng này có thể xảy ra trong vòng vài giờ đến vài tuần sau khi sử dụng thuốc. Bệnh nhân ở bất kỳ tuổi nào hoặc không có yếu tố nguy cơ tồn tại từ trước đều có thể gặp những phản ứng có hại trên.
Ngừng sử dụng thuốc ngay khi có dấu hiệu hoặc triệu chứng đầu tiên của bất kỳ phản ứng có hại nghiêm trọng nào. Thêm vào đó, tránh sử dụng các kháng sinh nhóm fluoroquinolon cho các bệnh nhân đã từng gặp các phản ứng nghiêm trọng liên quan đến fluoroquinolon.
Nên tránh dùng moxifloxacin ở những bệnh nhân đã từng xảy ra các phản ứng có hại nghiêm trọng trước đó khi sử dụng các sản phẩm có chứa quinolon hoặc fluoroquinolon (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc). Những bệnh nhân này chỉ nên bắt đầu dùng moxifloxacin trong trường hợp không có lựa chọn điều trị thay thế và sau khi đánh giá cẩn thận lợi ích/ nguy cơ (xem Chống chỉ định).
Lợi ích của việc điều trị bằng moxifloxacin đặc biệt là trong các bệnh nhiễm khuẩn với mức độ nhẹ nên xem thông tin có trong phần Cảnh báo và thận trọng khi dùng thuốc.
Các phản ứng có hại của thuốc nghiêm trọng kéo dài, vô hiệu và có thể không hồi phục
Rất hiếm trường hợp các phản ứng có hại của thuốc nghiêm trọng kéo dài (nhiều tháng hoặc nhiều năm), vô hiệu hóa và có khả năng không hồi phục ảnh hưởng đến các hệ cơ quan khác nhau của cơ thể, đôi khi nhiều lần (cơ xương, thần kinh, tâm thần và giác quan) ở bệnh nhân dùng quinolon và fluoroquinolon không phân biệt tuổi tác và các yếu tố nguy cơ có từ trước. Nên ngưng dùng moxifloxacin ngay khi có dấu hiệu hoặc triệu chứng đầu tiên của bất kỳ phản ứng có hại nghiêm trọng nào và bệnh nhân phải liên hệ ngay với bác sĩ kê đơn để được tư vấn.
Kéo dài khoảng QT và các điều kiện lâm sàng liên quan đến kéo dài QT
Moxifloxacin đã được chứng minh là làm kéo dài khoảng QT trên điện tâm đồ ở một số bệnh nhân. Trong phân tích điện tâm đồ thu được từ thử nghiệm lâm sàng, sự kéo dài QT bởi moxifloxacin là 6 mili giây ± 26 mili giây, 1,4% so với mức ban đầu. Ở phụ nữ thường có khoảng QT ban đầu dài hơn so với nam giới, nên họ có thể nhạy cảm hơn với các thuốc gây kéo dài khoảng QT. Người cao tuổi cũng nhạy cảm hơn với tác dụng kéo dài khoảng QT do thuốc.
Thuốc có thể làm giảm nồng độ kali nên cần sử dụng thận trọng ở những bệnh nhân dùng moxifloxacin (xem Chống chỉ định và Tương tác, tương kỵ của thuốc).
Moxifloxacin nên được sử dụng thận trọng ở những bệnh nhân có tình trạng rối loạn nhịp tim tiến triển (đặc biệt là phụ nữ và người cao tuổi), như thiếu máu cơ tim cấp tính hoặc kéo dài khoảng QT vì có thể dẫn đến tăng nguy cơ rối loạn nhịp thất (bao gồm xoắn đỉnh) và ngưng tim (xem Chống chỉ định). Mức độ kéo dài khoảng QT có thể tăng theo nồng độ thuốc. Do đó, không nên dùng quá liều khuyến cáo.
Nếu có các dấu hiệu rối loạn nhịp tim xảy ra trong quá trình điều trị bằng moxifloxacin, phải ngừng điều trị và đo điện tâm đồ.
Phình và bóc tách động mạch chủ, và hở van tim/ sự kém hoạt động của van tim
Các nghiên cứu dịch tễ học đã báo cáo tăng nguy cơ phình và bóc tách động mạch chủ,  đặc biệt là ở người cao tuổi, và hở van động mạch chủ và van hai lá sau khi uống các fluoroquinolon. Các trường hợp phình và bóc tách động mạch chủ, đôi khi do vỡ (bao gồm cả những trường hợp tử vong), và hở van tim/ sự kém hoạt động của bất kỳ van tim nào đã được báo cáo ở những bệnh nhân dùng fluoroquinolon (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc).
Do đó, các fluoroquinolon chỉ nên được sử dụng sau khi đánh giá cẩn thận nguy cơ - lợi ích và sau khi xem xét các điều trị khác ở bệnh nhân có tiền sử gia đình dương tính với bệnh phình động mạch hoặc bệnh tim bẩm sinh, hoặc ở bệnh nhân được chẩn đoán phình động mạch chủ trước đó và/ hoặc bóc tách động mạch chủ hoặc bệnh tim, hoặc có các yếu tố nguy cơ hoặc tình trạng khác dẫn đến 
• chứng phình động mạch chủ và bóc tách và hở van tim/ sự kém hoạt động của van tim (ví dụ rối loạn mô liên kết như hội chứng Marfan hoặc hội chứng Ehlers-Danlos, hội chứng Turner, bệnh Behcet, tăng huyết áp, viêm khớp dạng thấp) hoặc 
• chứng phình động mạch và bóc tách động mạch chủ (ví dụ rối loạn mạch máu như viêm động mạch Takayasu hoặc viêm động mạch tế bào khổng lồ, hoặc xơ vữa động mạch, hoặc hội chứng Sjogren) hoặc 
• tình trạng hở van tim/ sự kém hoạt động của van tim (ví dụ viêm nội tâm mạc nhiễm khuẩn).
Nguy cơ chứng phình động mạch chủ và bóc tách, và có thể vỡ tăng lên ở những bệnh nhân điều trị đồng thời với corticosteroid toàn thân.
Trong trường hợp đau bụng, ngực hoặc lưng đột ngột, bệnh nhân cần đến ngay bác sĩ để cấp cứu.
Bệnh nhân nên đến cơ sở y tế ngay lập tức trong trường hợp khó thở cấp tính, tim đập nhanh mới khởi phát, phù nề vùng bụng hoặc chi dưới.
Phản ứng quá mẫn/ dị ứng
Các phản ứng quá mẫn và dị ứng đã được báo cáo đối với các fluoroquinolon bao gồm moxifloxacin sau khi dùng lần đầu tiên. Phản ứng phản vệ có thể dẫn đến tình trạng sốc gây nguy hiểm đến tính mạng, ngay cả sau lần dùng thuốc đầu tiên. Trong những trường hợp này, phải ngưng dùng moxifloxacin và điều trị thích hợp (điều trị sốc).
Rối loạn gan nghiêm trọng
Đã có báo cáo về các trường hợp tổn thương gan cấp tính có khả năng dẫn đến suy gan (bao gồm cả trường hợp tử vong) khi dùng moxifloxacin (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc). Cần khuyến cáo bệnh nhân liên hệ ngay với bác sĩ trước khi tiếp tục điều trị nếu xuất hiện các dấu hiệu và triệu chứng liên quan đến tổn thương gan cấp tính như suy nhược nhanh kèm vàng da, nước tiểu sẫm màu, chảy máu hoặc bệnh não gan.
Cần làm xét nghiệm/ kiểm tra chức năng gan trong trường hợp có dấu hiệu rối loạn chức năng gan.
Phản ứng có hại trên da nghiêm trọng
Các phản ứng có hại trên da nghiêm trọng như hoại tử biểu bì nhiễm độc (TEN: còn được gọi là hội chứng Lyell), hội chứng Stevens Johnson (SJS) và bệnh mụn mủ toàn thân cấp tính (AGEP), có thể đe dọa tính mạng hoặc tử vong, đã được báo cáo khi dùng moxifloxacin (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc). Tại thời điểm kê đơn, bệnh nhân nên được thông báo về các dấu hiệu và triệu chứng của phản ứng da nghiêm trọng và được theo dõi chặt chẽ. Nếu các dấu hiệu và triệu chứng những phản ứng này xuất hiện, nên ngưng sử dụng moxifloxacin ngay lập tức và xem xét phương pháp điều trị thay thế. Nếu bệnh nhân đã xảy ra một trong các phản ứng nghiêm trọng như SJS, TEN hoặc AGEP khi sử dụng moxifloxacin, thì việc điều trị bằng moxifloxacin không được bắt đầu lại ở bệnh nhân này bất cứ lúc nào.
Co giật
Các quinolon được biết là gây ra co giật. Sử dụng thận trọng ở những bệnh nhân bị rối loạn thần kinh trung ương hoặc có các yếu tố nguy cơ khác dẫn đến động kinh hoặc làm giảm ngưỡng động kinh. Trong trường hợp co giật, nên ngưng sử dụng moxifloxacin và thực hiện các biện pháp thích hợp.
Bệnh lý thần kinh ngoại biên
Đã có báo cáo về các trường hợp viêm đa dây thần kinh cảm giác hoặc vận động cảm giác dẫn đến dị cảm, tăng cảm giác, rối loạn cảm giác hoặc suy nhược ở những bệnh nhân dùng quinolon và fluoroquinolon. Cần khuyến cáo bệnh nhân đang điều trị bằng moxifloxacin thông báo ngay với bác sĩ trước khi tiếp tục điều trị nếu xảy ra các triệu chứng của bệnh thần kinh như đau, nóng rát, ngứa ran, tê hoặc suy nhược tiến triển nhằm ngăn ngừa sự tiến triển của các triệu chứng không thể hồi phục (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc).
Các phản ứng tâm thần
Các phản ứng tâm thần có thể xảy ra ngay cả sau khi dùng quinolon lần đầu tiên, bao gồm moxifloxacin. Trong vài trường hợp rất hiếm gặp, trầm cảm hoặc phản ứng loạn thần dẫn đến ý nghĩ tự tử và hành vi tự gây thương tích cho bản thân như cố gắng tự tử (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc). Trong trường hợp bệnh nhân mắc phải các phản ứng này, nên ngưng dùng moxifloxacin và được thay thế bằng các biện pháp thích hợp. Nên thận trọng khi sử dụng moxifloxacin cho các bệnh nhân loạn thần hoặc bệnh nhân có tiền sử mắc bệnh tâm thần.
Tiêu chảy liên quan đến kháng sinh bao gồm viêm đại tràng
Tiêu chảy liên quan đến kháng sinh (AAD) và viêm đại tràng liên quan đến kháng sinh (AAC), bao gồm viêm đại tràng giả mạc và tiêu chảy liên quan đến Clostridium difficile, đã được báo cáo khi sử dụng kháng sinh phổ rộng bao gồm moxifloxacin và ở mức độ nghiêm trọng từ tiêu chảy nhẹ đến viêm đại tràng gây tử vong. Do đó, điều quan trọng là phải xem xét chẩn đoán này ở những bệnh nhân bị tiêu chảy nghiêm trọng trong hoặc sau khi sử dụng moxifloxacin. Nếu nghi ngờ hoặc đã xác định AAD hoặc AAC nên ngừng điều trị kháng sinh, kể cả moxifloxacin và tiến hành ngay các biện pháp điều trị thích hợp. Ngoài ra, các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn thích hợp cần được thực hiện để giảm nguy cơ lan truyền. Chống chỉ định các thuốc ức chế nhu động ở những bệnh nhân tiêu chảy nghiêm trọng.
Bệnh nhân bị nhược cơ 
Cần thận trọng khi dùng moxifloxacin ở những bệnh nhân bị nhược cơ vì có thể làm cho các triệu chứng của bệnh trầm trọng hơn.
Viêm gân và đứt gân
Viêm gân và đứt gân (đặc biệt là gân Achilles), đôi khi hai bên, có thể xảy ra trong vòng 48 giờ sau khi bắt đầu điều trị bằng quinolon và fluoroquinolon và đã có báo cáo về các trường hợp xảy ra sau khi kết thúc điều trị vài tháng (xem Chống chỉ định và Tác dụng không mong muốn của thuốc). Nguy cơ viêm gân và đứt gân tăng lên ở bệnh nhân cao tuổi, bệnh nhân suy thận, bệnh nhân ghép tạng và những bệnh nhân điều trị đồng thời với corticosteroid. Do đó, nên tránh sử dụng đồng thời corticosteroid.
Khi có những dấu hiệu đầu tiên của viêm gân (như sưng đau, viêm), nên ngưng điều trị bằng moxifloxacin và cân nhắc điều trị thay thế. Các chi bị ảnh hưởng nên được điều trị thích hợp (như cố định chi). Không nên sử dụng corticosteroid nếu có dấu hiệu viêm gân.
Bệnh nhân suy thận
Thận trọng khi dùng moxifloxacin đối với bệnh nhân cao tuổi bị rối loạn chức năng thận nếu không duy trì uống đầy đủ nước, vì mất nước có thể làm tăng nguy cơ suy thận.
Rối loạn thị lực
Nếu thị lực bị suy giảm hoặc có bất kỳ ảnh hưởng nào đến mắt, nên tư vấn bác sĩ chuyên khoa mắt (xem Ảnh hưởng của thuốc lên khả năng lái xe, vận hành máy móc; Tác dụng không mong muốn của thuốc).
Rối loạn đường huyết
Cũng như các fluoroquinolon khác, rối loạn đường huyết, bao gồm cả hạ đường huyết và tăng đường huyết đã được báo cáo với moxifloxacin (xem Tác dụng không mong muốn của thuốc), thường ở bệnh nhân đái tháo đường được điều trị đồng thời với thuốc hạ đường huyết dạng uống (ví dụ: glibenclamid) hoặc với insulin. Các trường hợp hôn mê hạ đường huyết đã được báo cáo. Ở bệnh nhân đái tháo đường, cần theo dõi chặt chẽ đường huyết.
Phòng ngừa phản ứng nhạy cảm với ánh sáng
Quinolon cho thấy có thể làm bệnh nhân tăng nhạy cảm với ánh sáng. Tuy nhiên, chưa thấy rõ tính nhạy cảm với ánh sáng trong các nghiên cứu với moxifloxacin. Ngoài ra, cần khuyến cáo bệnh nhân tránh tiếp xúc với tia cực tím hoặc ánh nắng mặt trời rộng và/ hoặc mạnh trong quá trình điều trị bằng moxifloxacin.
Bệnh nhân bị thiếu hụt glucose-6-phosphat dehydrogenase
Bệnh nhân có tiền sử gia đình hoặc thiếu hụt glucose-6-phosphat dehydrogenase dễ bị phản ứng tan máu khi điều trị bằng quinolon. Do đó, thận trọng khi dùng moxifloxacin ở những bệnh nhân này.
Bệnh nhân bị viêm vùng chậu
Đối với những bệnh nhân bị nhiễm khuẩn vùng chậu có biến chứng (như áp xe vòi trứng hoặc vùng chậu), cần điều trị bằng moxifloxacin đường truyền tĩnh mạch, không nên điều trị bằng moxifloxacin dạng viên.
Bệnh viêm vùng chậu có thể do Neisseria gonorrhoeae đề kháng với fluoroquinolon. Do đó, trong trường hợp này, moxifloxacin nên phối hợp với một kháng sinh diệt khuẩn thích hợp khác (như cephalosporin) trừ khi có thể loại trừ Neisseria gonorrhoeae kháng moxifloxacin. Nếu không đạt được sự cải thiện trên lâm sàng sau 3 ngày điều trị, thì liệu pháp này cần được xem xét lại.
Bệnh nhân bị mắc cSSSI đặc biệt 
Hiệu quả lâm sàng của moxifloxacin dùng đường tĩnh mạch trong điều trị nhiễm khuẩn bỏng nặng, viêm cân mạc và nhiễm khuẩn bàn chân đái tháo đường với viêm tủy xương chưa được thiết lập.
Ảnh hưởng các xét nghiệm sinh học 
Moxifloxacin có thể ức chế sự tăng trưởng của Mycobacterium spp. cho kết quả xét nghiệm âm tính giả ở bệnh nhân đang dùng moxifloxacin.
Bệnh nhân bị nhiễm MRSA
Không khuyến cáo sử dụng moxifloxacin để điều trị nhiễm khuẩn do MRSA. Trong trường hợp nghi ngờ hoặc đã xác định nhiễm khuẩn gây ra bởi MRSA, nên bắt đầu điều trị bằng kháng sinh thích hợp (xem Đặc tính dược lực học).
Trẻ em
Do tác dụng không mong muốn trên sụn ở trẻ vị thành niên (xem Dữ liệu an toàn tiền lâm sàng), chống chỉ định sử dụng moxifloxacin ở trẻ em và thanh thiếu niên dưới 18 tuổi (xem Chống chỉ định).
Tá dược
Latose monohydrat: không nên sử dụng ở bệnh nhân có vấn đề về dung nạp galactose, thiếu hụt men lactase hoặc bị rối loạn hấp thu glucose-galactose.
Thuốc này chứa ít hơn 1 mmol natri (23 mg) mỗi viên, có nghĩa là “không có natri”.