Tác dụng toàn thân của corticosteroid dạng xịt mũi có thể xảy ra, đặc biệt ở liều cao, khi được sử dụng trong thời gian dài, cùng với liệu pháp bổ sung hoặc điều trị trước đó với corticoid và do các yếu tố cá nhân. Những tác dụng này ít xảy ra hơn nhiều so với corticosteroid đường uống và có thể khác nhau ở từng bệnh nhân và giữa các chế phẩm corticosteroid khác nhau. Các tác động toàn thân tiềm ẩn có thể bao gồm hội chứng Cushing, các đặc điểm của Cushingoid, ức chế tuyến thượng thận, chậm phát triển ở trẻ em và thanh thiếu niên, đục thủy tinh thể, tăng nhãn áp và hiếm gặp hơn, một loạt các tác động tâm lý hoặc hành vi bao gồm chứng tăng động tâm thần, rối loạn giấc ngủ, lo âu, trầm cảm hoặc hung hăng (đặc biệt ở trẻ em). 
Điều trị bằng corticosteroid xịt mũi liều cao hơn khuyến cáo có thể dẫn đến ức chế tuyến thượng thận đáng kể về mặt lâm sàng. Nếu có bằng chứng về việc sử dụng liều cao hơn khuyến cáo thì nên xem xét việc sử dụng thêm corticosteroid toàn thân trong giai đoạn căng thẳng hoặc phẫu thuật.
Trong trường hợp nhiễm bệnh ở mũi do vi khuẩn hoặc nấm, chỉ nên sử dụng hỗn dịch xịt mũi budesonid khi điều trị kháng khuẩn hoặc kháng nấm đồng thời. 
Khi điều trị liên tục trong thời gian dài, nên kiểm tra niêm mạc mũi thường xuyên, ví dụ: 6 tháng một lần.
Suy giảm chức năng gan ảnh hưởng đến dược động học của corticosteroid. Suy giảm nghiêm trọng chức năng gan ảnh hưởng đến dược động học, bao gồm cả sự đào thải, của budesonid dùng đường uống, dẫn đến tăng khả dụng toàn thân và giảm khả năng đào thải. Tuy nhiên, dược động học của budesonid tiêm tĩnh mạch ở người tình nguyện khỏe mạnh và bệnh nhân xơ gan là gần như nhau. Có thể cần xem xét các tác dụng toàn thân tiềm ẩn ở người suy gan nặng. Tuy nhiên, điều này có liên quan hạn chế về mặt lâm sàng đối với thuốc xịt mũi budesonid vì nồng độ thuốc uống tương đối thấp sau khi dùng xịt mũi. 
Thuốc xịt mũi budesonid không được khuyến cáo ở bệnh nhân chảy máu cam và bệnh nhân bị nhiễm khuẩn vùng miệng, mũi hoặc mắt. 
Thuốc xịt mũi budesonid không được khuyến cáo ở những bệnh nhân bị loét mũi, trong trường hợp phẫu thuật gần đây hoặc chấn thương mũi cho đến khi bình phục hoàn toàn. 
Cần thận trọng đặc biệt ở những bệnh nhân lao phổi đang hoạt động hoặc đã ổn định, và những bệnh nhân bị nhiễm nấm hoặc virus ở đường hô hấp. 
Bệnh nhân nên được thông báo rằng hiệu quả đầy đủ chỉ đạt được sau một vài ngày điều trị. Điều trị viêm mũi theo mùa, nếu có thể, nên bắt đầu trước khi tiếp xúc với các chất gây dị ứng. 
Rối loạn thị giác có thể được báo cáo khi sử dụng corticosteroid toàn thân và tại chỗ. Nếu bệnh nhân có các triệu chứng như nhìn mờ hoặc các rối loạn thị giác khác, bệnh nhân nên được xem xét chuyển đến bác sĩ nhãn khoa để đánh giá các nguyên nhân có thể xảy ra bao gồm đục thủy tinh thể, tăng nhãn áp hoặc các bệnh hiếm gặp như bệnh viêm túi mật huyết thanh trung tâm (CSCR) đã từng được báo cáo sau khi sử dụng corticosteroid toàn thân và tại chỗ. 
Thuốc này có chứa kali sorbat và có thể gây ra các phản ứng trên da (ví dụ: viêm da tiếp xúc).
Trẻ em
Tác dụng lâu dài của glucocorticosteroid nhỏ mũi ở trẻ em chưa được biết đầy đủ. Bác sĩ nên theo dõi chặt chẽ sự phát triển của trẻ dùng glucocorticosteroid lâu dài theo bất kỳ đường nào, và cân nhắc giữa lợi ích của liệu pháp glucocorticosteroid so với khả năng ức chế tăng trưởng.
Sự chậm lớn đã được báo cáo ở trẻ em dùng corticosteroid xịt mũi với liều lượng được cấp phép. Khuyến cáo rằng chiều cao của trẻ em được điều trị kéo dài bằng corticosteroid xịt mũi phải được theo dõi thường xuyên. Nếu tốc độ tăng trưởng chậm lại, nên xem xét lại liệu pháp với mục đích giảm liều corticosteroid xịt mũi xuống liều thấp nhất (nếu có thể) để duy trì việc kiểm soát hiệu quả các triệu chứng. Ngoài ra, cần cân nhắc việc giới thiệu bệnh nhân đến bác sĩ chuyên khoa nhi. 
Chuyển từ thuốc đường uống 
Cần phải thận trọng khi chuyển bệnh nhân từ điều trị steroid toàn thân sang budesonid dạng xịt mũi nếu có bất kỳ lý do gì cho rằng chức năng tuyến thượng thận của họ bị suy giảm. 
SỬ DỤNG THUỐC CHO PHỤ NỮ CÓ THAI VÀ CHO CON BÚ
Phụ nữ có thai
Kết quả từ các nghiên cứu dịch tễ học tiền cứu và từ kinh nghiệm sau tiếp thị trên toàn thế giới cho thấy không có nguy cơ gia tăng dị tật bẩm sinh tổng thể do sử dụng budesonid dạng hít hoặc xịt mũi trong thời kỳ đầu mang thai. Các nghiên cứu trên động vật đã cho thấy độc tính sinh sản. Những nguy cơ tiềm ẩn cho con người là không xác định. Cũng như các loại thuốc khác, việc sử dụng budesonid trong thời kỳ mang thai đòi hỏi lợi ích cho người mẹ phải được cân nhắc với nguy cơ cho thai nhi. Thời gian sử dụng budesonid càng ngắn càng tốt.
Phụ nữ cho con bú
Budesonid được bài tiết qua sữa mẹ. Tuy nhiên, ở liều điều trị của budesonid, không có tác dụng nào đối với trẻ đang bú. Budesonid có thể được sử dụng trong thời kỳ cho con bú. 
Điều trị duy trì bằng budesonid dạng hít (200 hoặc 400 mcg, 2 lần mỗi ngày) ở phụ nữ bị hen cho con bú dẫn đến việc tiếp xúc toàn thân với budesonid không đáng kể ở trẻ bú mẹ. 
Trong một nghiên cứu dược động học, liều lượng ước tính hàng ngày cho trẻ sơ sinh là 0,3% liều hàng ngày của bà mẹ đối với cả hai mức liều và nồng độ trung bình trong huyết tương ở trẻ sơ sinh được ước tính bằng 1/ 600 nồng độ được quan sát thấy trong huyết tương của mẹ, giả sử sinh khả dụng hoàn toàn ở trẻ sơ sinh qua đường uống. Nồng độ budesonid trong các mẫu huyết tương trẻ sơ sinh đều nhỏ hơn giới hạn định lượng. 
Dựa trên dữ liệu từ budesonid dạng hít và thực tế là budesonid thể hiện các đặc tính PK tuyến tính trong khoảng liều điều trị sau khi dùng xịt mũi, hít, uống và đặt trực tràng, ở liều điều trị của budesonid, khả năng tiếp xúc với trẻ đang bú được dự đoán là thấp.